コマンドラインでのPDFファイルのマージ

これでうまくいきました。

gs -q -dNOPAUSE -dBATCH -sDEVICE=pdfwrite -sOutputFile=merged.pdf source1.pdf source2.pdf

（実際には改行なしです）

GhostScriptをインストールしたLinuxやMacOSXで使えるはずです。